Novel Kembara Amira mengisahkan tentang Amira yang pergi ke Desa Karpus bersama-sama dengan kawan karibnya, Jacinta semasa cuti sekolah. Dia pergi ke Desa Karpus yang terletak di Gunung Mat Raya kerana ibunya, Profesor Zaidah yang merupakan seorang pensyarah dan profesor dalam bidang arkeologi di sebuah universiti sedang menjalankan kajian dan mencari gali artifak atau tinggalan manusia zaman silam di situ.
Profesor Zaidah dibantu oleh Dr. Zawawi iaitu seorang pensyarah muda dan juga para pelajar tahun akhir yang sedang mengikuti bidang pengajian yang berkaitan dengan arkeologi. Di Gunung Mat Raya, Amira berkawan dengan Itai, iaitu seorang anak orang Asli yang tinggal di kampung orang Asli yang berhampiran dengan kawasan tapak kerja lapangan di Desa Karpus itu.
Di samping mereka yang sedang menjalankan kerja mencari gali artifak, satu kumpulan lain sedang membuat kajian untuk mencari gali emas di
